Jens F. Jensen er født og opvokset i Rønne på Bornholm, hvor han blev student fra Rønne Statsgymnasium i 1973. Herefter flyttede han til Nordjylland for at læse dansk og musik på det dengang nystartede Aalborg Universitet. I 1987 blev han ansat som kandidatstipendiat samme sted, og efter ansættelser som adjunkt og lektor blev han i 2001 udnævnt til professor i Interaktive Multimedier ved det daværende Institut for Kommunikation.
Som forsker har Jens F. Jensen eksperimenteret aktivt med at udfordre den mere traditionelle formidlingsform og bevidst gøre brug af innovative og dialogskabende formidlingsformer. På internationalt niveau har han været med til at sætte en dagsorden for, hvordan begrebet "interaktivitet" skal forstås. Jens F. Jensen har ledet adskillige projekter om brugerdrevne interaktive digitale medier. I de senere år har han gjort sin viden om digitale medier anvendelig i oplevelsesøkonomisk sammenhæng, bl.a. som leder af det regionale teknologicenter ApEx, Center for Anvendt Oplevelsesøkonomi, og senere i det nationale Innovationsnetværk for oplevelsesøkonomi (Invio). Jens F. Jensen er forfatter til en lang række publikationer om medier, mediekultur, interaktivitet og oplevelsesøkonomi og er initiativtager til - og redaktør på - flere skriftserier.
Jens F. Jensen har siden 2003 været leder af InDiMedia - Center for Interaktive Digitale Medier & Oplevelsesdesign, der beskæftiger sig med, hvordan man kan forstå såvel som designe bedre interaktive digitale medier og bedre IT-baserede oplevelser.
På det uddannelsesmæssige felt har Jens F. Jensen været aktiv i udviklingen af uddannelser inden for fagområdet gennem planlægningen af nye uddannelser og fagpakker, hvilket bl.a. har ført til udbydelsen af Cand. ITuddannelsen i Oplevelsesdesign i samarbejde med IT-Vest.
Jens F. Jensen har gjort sin indflydelse gældende på en række poster: i AAU-sammenhæng som formand for Aalborg Universitetsforlags bestyrelse (siden 2002), og tidligere som medlem af bestyrelsen for Aalborg Universitets Forskerskole Human Centered Communication and Informatics og via sin mangeårige deltagelse i studienævnet for Kommunikation og Digitale Medier; og på nationalt plan som formand for bestyrelsen af Dansk Center for Museumsforskning, og tidligere bl.a. som medlem af Erhvervsforskerudvalget samt via sin deltagelse i bestyrelsen for Center for Kultur- og Oplevelsesøkonomi. I september 2017 blev Jens F. Jensen tildelt Ridderkorset af Dannebrogordenen.
